孔头底尾鳕的头部很宽大厚实，位于头顶之眼眶间隔大（约大于眼径之1.5倍），口极大，端位无颏须。齿为珠粒状，多列成齿带。下颌有一排倒U型的大型鳞列；喉部弯曲；鳃耙细长状。两个背鳍之距离甚短，几乎相并连，第二背鳍比臀鳍高；无发光器；肛门位置紧临臀鳍起点。体被大型圆鳞，极易脱落，鱼体全为深棕色，无任何斑纹，本科鱼类体型中属中大型，最大体长可达60公分。
目前仅发现其分布于日本南方，中国东海及台湾东北部等西北太平洋海域。
孔头底尾鳕生活在深度600～1,200公尺，水温3～4℃的深层水域。深海底栖习性，肉食性鱼类，以磷虾为主食，耳石形状显示出其为游动缓慢的类形。
罕见的种类，虽可食用，但数量极少，经济价值低。渔民以拖网渔获后，多充当下杂鱼，打碎后作为养殖鱼类的饵料。